Como ciudad, Battambang no es especialmente antigua, aunque hay indicios de ocupación en la zona desde hace más de 1.000 años. Se estableció como importante ciudad comercial en algún momento del siglo XVIII. En 1795 Tailandia se anexionó gran parte del noroeste de Camboya, incluidas las provincias de Battambang y Siem Reap, y el dominio tailandés duró hasta 1907, cuando la provincia fue cedida a los franceses para que formara parte de su colonia de Indochina. Gran parte de la arquitectura que aún se ve hoy en el centro de la ciudad data de la primera mitad del siglo XX. El desarrollo se detuvo con la Segunda Guerra Mundial, cuando Battambang volvió a caer bajo administración tailandesa, pero continuó rápidamente tras la Independencia en 1953.
Battambang sufrió lo mismo que el resto del país bajo el régimen de los Jemeres Rojos: la ciudad fue evacuada y la población trasladada al campo, donde murieron muchas personas. La ciudad fue liberada por los vietnamitas una semana después de la caída de Phnom Penh, el 13 de enero de 1979, pero los Jemeres Rojos siguieron luchando en el noroeste de la provincia, aunque no suspendieron las hostilidades hasta 1996. Durante este periodo, la ciudad estaba vedada a la mayoría de los visitantes, ya que se encontraba en primera línea de la guerra contra los Jemeres Rojos. Normalmente, las fuerzas gubernamentales hacían retroceder a los jemeres rojos hacia Pailin en la estación seca, para ceder la mayor parte de lo ganado cuando llegaban las lluvias monzónicas.
Después de 1996, Battambang estuvo en paz por primera vez en décadas y experimentó cierto crecimiento. Sin embargo, hasta hace muy poco los turistas no han acudido a la ciudad en gran número, ya que la mayoría de los campos de minas se han limpiado y las carreteras principales se han rehabilitado.
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